别号志澄,祖籍广东澄海岐山沟南。1888年生于广州高第街,8岁丧父,家道中落;
1900年到湖北武昌寄养在姑丈家,进一所教会学校念书;
1905年,考取官费留学日本,就读于日本第七高等学校;
1911年,经宋教仁介绍加入同盟会,随后回国参加辛亥革命;
1912年,返回日本继续学习,从日本第七高等学校毕业后,进入日本帝国大学文学部,大学本科毕业后又进研究院;
1917年,发表《再批判蔡孑民先生在信教自由会演说之订正文并质问蔡先生》,成为第一个介绍爱因斯坦狭义相对论的中国学者;
1922年,应孙中山之邀回广州,出住广州市教育局长;
1922年9月,廖仲恺赴日本与苏联代表进行秘密会谈,约许崇清同行。同年10月24日,许崇清和廖六薇(廖仲恺的侄女)在东京结婚;
1923年,许崇清由廖仲恺介绍加入国民党,孙中山指派他为国民党临时中央执行委员会执行委员,参加了改组计划草拟工作。他也是1924年《中国国民党第一次全国代表大会宣言》中的教育部分的起草人之一;
1923—1927年,出任广东教育厅长;期间出任仲恺农工学校(现仲恺农业工程学院)董事会主席。
1931年,第一次出任中山大学校长;
1934年,发表《孝经新诂教本审查意见书》,反对陈济棠强制各级学校讲授《孝经》,被解除教育厅长;
1937年,再次出任广东教育厅长;
1940年,出任中山大学代校长,主持将中山大学迁回广东;
1948年,发表《人类底实践与教育底由来》;
1949年11月,回到解放后的广州,任广州市人民政府委员,随即受广州军事管制委员会指派,接管私立广州大学,并担任该校校长;
新中国建立后,他当选第一至第三届全国人民代表大会代表,
1951年,许崇清第三次出任中大校长,并先后担任全国政协常务委员、广州市人民政府委员、中南军政委员会委员、广东省副省长。
1957年,发表《人的全面发展的教育任务》;
1963年,任广东省副省长;
1969年3月14日在广州逝世。
别号:志澄