天顺初年,改检讨。其父九畴因张鹏弹劾石亨一案受到牵连,耿裕也被贬为泗州判官。遭父丧起复后,补定州知州。成化初年,召复检讨,任国子司业、祭酒。当时,明王朝一些年幼侯伯都在国子监读书,耿裕将古代诸侯、国戚的嘉言美行可资效法者编纂成书,给他们讲授。皇帝非常赞同。后历升吏部左、右侍郎,并代尹为尚书。靠勾结宦官与万贵妃而升为大学士的万安,素与耿裕不合,便伙同李孜省在皇帝面前倾陷耿裕,结果被调到南京礼部。后转南京兵部参赞机务。
弘治初年,拜为礼部尚书。当时的上层官僚,无论公私,竟尚奢侈。耿裕多能因势利导,力纠时弊。曾借国家发生灾异的机会,多次上疏,提倡节俭。给事中郑宗仁提出节制光禄(管皇室祭祀及膳食的机构)供应,裕等请求皇帝予以采纳。光禄御史田渊以光禄供费不足而拖欠行户物款,要求用国库银两偿还。裕等请求皇帝予以采纳。光禄御史田渊以光禄供费不足而拖欠行户物款,要求用国库银两偿还。裕等认为这样会侵蚀国库,助长舞弊,请明令禁止,得到皇帝批准。南京守备宦官请求增加奉先殿日祭供品,裕等认为没有必要,未加许可。孝宗即位初,曾令番邦僧人迁本土,但大都利用各种关系在京师潜藏下来。裕等力主驱斥,只留一百八十二人。撤马儿罕及吐鲁番要进行贡狮子,甘肃镇守太监傅德先画了图形呈进,巡按御史陈瑶奏请退还不收。裕上疏皇帝听从陈瑶的建议,并对傅德治罪,皇帝没有同意。后来番使来到京师,皇帝经常召见,裕再三奏请说:“番邦无道,表面借朝贡表示恭顺,实际潜称可汗,且屡屡犯边,陛下如此优待其使者,以为天朝心存畏惧,更加助长其桀骜不驯的气焰。且狮子也是野兽,没什么珍异之处。”皇帝即令其使回国。不久,裕任吏部尚书,加太子太保衔。任职数年,考核官吏,选官授职,不以个人爱憎取人,杜绝私人请托。平时生活,自奉节俭,虽然两世俱为显宦,而家境并不富有。
代表作品:《耿裕集》