建武元年(494年),齐明帝登基后,萧宝义被封为持节、都督扬南徐州军事、前将军、扬州刺史。封为晋安郡王,食邑三千户。因萧宝义不堪与别人会面,故止于加除授,以始安王萧遥光代行其职务。萧遥光主动请求辞去南徐州都督,获准。后转萧宝义为右将军,领兵置佐,镇守石头城。
建武二年(495年),出为使持节、都督南徐州军事、镇北将军、南徐州刺史。其嫡弟东昏侯萧宝卷即位后,进位为征北大将军,开府仪同三司,赐给仪仗。永元元年(499年),给班剑二十人。始安王萧遥光被诛后,为都督扬南徐二州军事、骠骑大将军、扬州刺史,持节如故。东府被兵火,屋宇烧残,萧宝卷当时建营宫殿,没有时间修葺。萧宝义镇守西州。
永元三年(501年),进位为司徒。齐和帝建成西台,以萧宝义为侍中、司空,使持节、都督、刺史如故。梁王萧衍平定京邑后,宣德太后下令以萧宝义为太尉,领司徒之位。下诏曰:“不言之化,形于自远。”当时的人皆说此为实录。
梁武帝受禅后,因萧宝义是聋哑人,没有政治威胁力,就没有伤害他性命,封他为谢沐县公。在被废为巴陵郡王的萧宝融死后,梁武帝再封萧宝义为巴陵郡王,以奉养齐祀。天监八年七月癸巳(509年8月18日)薨,谥隐王。儿子萧屏袭封巴陵郡王。